Pourquoi faire analyser et cartographier son microbiote ?

Le microbiote est un ensemble de micro-organismes qui vit dans et sur l’être humain. Au niveau du tube digestif, on parle donc de microbiote intestinal, un écosystème avec lequel nous vivons en symbiose. Pourtant, il peut être altéré et impliqué dans de nombreuses maladies. Découvrez dans cet article pourquoi l’analyse et la cartographie de son microbiote peuvent fournir des informations importantes sur la santé.

Qu’est-ce que le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal, autrefois nommé flore intestinale, est un écosystème composé de bactéries, de virus, de parasites et de champignons non pathogènes avec lequel chaque individu construit une symbiose individualisée. En effet, chaque personne possède un microbiote unique qualitativement et quantitativement.

Le microbiote intestinal est le plus important microbiote de l’organisme.

La composition du microbiote intestinal est diversifiée. Elle comprend différentes familles de bactéries :

• les Firmicutes dont les Lactobacillus qui représentent 60 à 80 % du microbiote intestinal ;
• les Bacteroidetes qui constituent 20 à 40 % ;
• les Actinobacteria dont le Bifidobacterium ;
• les Proteobacteria dont les Enterobacteria.

Chez l’adulte en bonne santé, on considère que la composition du microbiote est relativement stable dans le temps, même si elle est influencée par nos habitudes alimentaires.

Les fonctions du microbiote intestinal sont nombreuses et cruciales pour l’organisme : 

• rôle essentiel dans la digestion, l’absorption et la fourniture de nutriments ;
• rôle dans la synthèse de vitamines ;
• rôle de barrière pour lutter contre les micro-organismes pathogènes ;
• rôle dans le développement et la régulation du système immunitaire ;
• rôle dans les relations bidirectionnelles intestin-cerveau d’où son nom de deuxième cerveau.

De nombreux facteurs peuvent modifier plus ou moins durablement la composition et les fonctions du microbiote comme :

• le régime alimentaire ;
• l’hygiène de vie ;
• des pesticides ;
• des additifs alimentaires ;
• le stress ;
• des maladies ;
• des traitements médicaux.

Lorsque l’équilibre du microbiote (eubiose), indispensable à son bon fonctionnement, est altéré, on parle alors de dysbiose.

Pourquoi établir une cartographie de son microbiote ?

La dysbiose ou altération qualitative et/ou fonctionnelle du microbiote intestinal a un impact sur la santé. Sa survenue pourrait expliquer l’apparition ou l’aggravation de nombreuses maladies inflammatoires, métaboliques ou neurologiques.

La recherche scientifique et médicale travaille aujourd’hui activement sur :

• l’analyse qualitative et quantitative de la composition du microbiote intestinal ;
• les relations entre le microbiote et son hôte ;
• les interactions entre les micro-organismes au sein du microbiote ;
• l’incidence de tous ces acteurs sur le fonctionnement de l’organisme ;
• les gènes du microbiote (métagénome).

Selon l’Inserm, le microbiote intestinal est probablement un biomarqueur reflétant différents états de santé. Ainsi, l’exploration du microbiote intestinal et sa cartographie permettent d’élargir la connaissance et la compréhension du microbiote intestinal et de son rôle.

Des applications potentielles en santé humaine sont d’ailleurs envisagées telles que :

1. L’utilisation du microbiote comme outil diagnostique et outil thérapeutique.
2. La modulation de la composition ou de l’activité métabolique du microbiote pour impacter positivement la physiologie de l’hôte en agissant par exemple sur l’alimentation ou l’utilisation de probiotiques et/ou de prébiotiques.

Les tests d’analyse du microbiote intestinal

Les tests de selles et de microbiome servent à identifier la composition du microbiote et à établir sa cartographie. Ces tests d’analyse sont de deux types :

1. Les tests basés sur la culture des selles.
2. Les techniques moléculaires ciblant l’ADN.

Les tests d’analyse basés sur la culture des selles

Cette méthode d’analyse nécessite la mise en culture de l’échantillon de selles. Après une période d’incubation, la caractérisation de la composition du microbiote intestinal est effectuée.

Cependant, le résultat obtenu ne reflète pas exactement la composition du microbiote intestinal, car plus de 90 % des espèces du microbiote intestinal ne sont pas cultivables en laboratoire.

Les tests moléculaires ou basés sur l’ADN

Les techniques actuelles de séquençage, indépendantes de la culture in vitro, permettent de dresser une cartographie précise du microbiote.

La première étape de l’analyse comprend la collecte des échantillons et l’extraction d’ADN.

La deuxième étape consiste à obtenir des données à partir des échantillons d’ADN.

Plusieurs approches basées sur l’ADN sont actuellement utilisées :

1. Le séquençage du gène de l’ARNr 16S permet d’identifier les bactéries présentes dans l’intestin et en quelle quantité.
2. La PCR ciblée ou quantitative (qPCR) permet l’identification de bactéries spécifiques au niveau du genre ou de l’espèce.
3. La métagénomique, également appelée séquençage du génome entier, permet l’analyse des génomes de tous les micro-organismes retrouvés dans l’intestin (le métagénome intestinal) par séquençage haut débit (NGS). Elle fournit également des informations sur les capacités fonctionnelles de ces micro-organismes.

Ainsi, le métagénome intestinal a permis d’établir un catalogue de gènes bactériens représentatifs d’individus en fonction de leur état de santé, de leur génétique, de leur alimentation et de leurs conditions de vie.

Grâce à de grands projets de séquençage de l’ADN à haut débit des microbiotes, des cartographies fines des microbiotes hébergés sur et dans notre corps et des gènes qu’ils portent ont été réalisées.

Pour finir, l’analyse et la cartographie de votre microbiote permettent d’identifier et de quantifier vos bactéries intestinales et la présence éventuelle de bactéries pathogènes par comparaison avec des cartographies de référence. Le résultat de votre test de microbiote intestinal vous apporte ainsi des informations sur l’équilibre de votre microbiote. Un professionnel de santé spécialisé pourra vous apporter des recommandations nutritionnelles pour vous aider à trouver des solutions en cas de dysbiose et donc à optimiser votre santé physique et mentale.